La nave norte tiene en el costado occidental la Capilla del Sagrado Corazón de Jesús, la cual tiene un altar dorado de estilo dórico y una estatua en mármol de Cristo, obra de la casa Pussilque Russaud de París e inscripciones en mármol sobre las leyes de 1913 de homenaje a Jesucristo y de 1919 como homenaje a Nuestra Señora. La segunda capilla de esta nave está dedicada al Santo Cristo (también conocida como las ánimas o las almas del purgatorio), contiene un altar de orden compuesto con una pequeña reja, un cuadro del Cristo Crucificado, dos cuadros pequeños al lado derecho y una pintura del Salvador de Vásquez; en esta capilla también está la tumba de José Celestino Mutis. Después de esta capilla se encuentra la entrada lateral de la iglesia o "puerta falsa", la cual tiene en su parte exterior un escudo de España esculpido en piedra y en la parte interna dos cuadros de estilo antiguo italiano.[ 8] ? A continuación, la tercera capilla de occidente a oriente es Nuestra Señora de las Mercedes (actualmente conocida como San José), es la capilla más antigua (construida en 1590), originalmente era la capilla de Santa Ana por el cuadro de Gaspar Figueroa y en ella se encuentra un altar jónico, una estatua quiteña de Nuestra Señora de las Mercedes en el nicho central y la tumba de Eulogio Tamayo. La capilla de la Inmaculada Concepción, adornada con un arco de media caña y un altar de mampostería contiene una estatua de la Inmaculada Concepción, instalada en el nicho central en 1904 y una estatua sobre la tumba del arzobispo Bernardo Herrera Restrepo en el muro occidental, obra del artista Gustavo Arcila Uribe. Al lado oriental está la capilla de la Virgen del Perpetuo Socorro (también llamada Santísima Trinidad o San Juan Nepomuceno), la cual fue elaborada en 1630, tiene un altar dórico rodeado con una reja, una estatua de Nuestra Señora en un nicho y 4 cuadros laterales; la nave se complementa con la capilla de la Soledad (Nuestra Señora de los Dolores), elaborada en 1906 y contiene un altar jónico y tres nichos: el izquierdo con la Magdalena, el central con Nuestra Señora y el derecho con San Juan Evangelista, en donde se encuentra la tumba de Juan Martín de Sarratea, superintendente de la Casa de la Moneda, y finalmente hay una puerta que comunica con la Sacristía de los Capellanes del Coro y sobre ella hay un cuadro de la Sepultura del Señor.
