El nombre de la fortaleza fue dado en honor a la Virgen de Santa Barbara, Patrona de los Artilleros.
Se desconoce la fecha exacta de la construcción de la Fortaleza de Santa Barbara, pero se estima que su edificación data de del año 1550.La Fortaleza de Santa Barbara fue construida por los conquistadores Españoles en las faldas de los cerros Capiro y Calentura, sobre una pequeña cumbre desde donde se tiene una impresionante vista de la Bahía de Trujillo.La Fortaleza se construyó con mano de obra indígena y su objetivo principal era defender las costas, el Puerto y las posesiones de los españoles de los piratas franceses, holandeses e ingleses que atacaban frecuentemente el poblado.Debido a los constantes ataques los españoles se vieron forzados a abandonar el pueblo, no obstante los pobladores siguieron luchando hasta convertir a Trujillo en la linda ciudad que es en la actualidad. Al marcharse los españoles La Fortaleza de Santa Barbara quedó abandonada y comenzó a deteriorarse por el paso del tiempo.
